两者的区别：如果从工作上来说，对账单包括期末时点的银行存款核对的金额，也包括到上个对账时点的银行流水，由财务人员根据账务核算明细，逐笔进行钩挑，最终与银行对账单核对一致。若果一致，就在对账单上确认一下，反馈给银行。不对就查明原因，采取措施。

银行对账单一般审计时候只侧重于期末余额，却忽略了发生额，银行流水可以详细查到每一笔银行存款的发生额。其实核对银行流水对审计工作有很大好处的，通过核对可以发现企业有无出借银行账户、收入不入账、挪用资金等情形的。